Служба экологической безопасности, в состав которого войдут профессиональные промышленные экологи и лаборатория по охране окружающей среды и химическому анализу, будет  заниматься мониторингом экологической обстановки в порту и на прилегающих территориях.В настоящее время ПАО «ММТП» реализует целый комплекс природоохранных мероприятий, направленный на снижение неблагоприятного воздействия предприятия на окружающую среду. 
Среди них - строительство очистных сооружений для ливневых стоков, система пылеподавления на территории грузового района.
Сейчас ведется подбор оборудования для обеспечения работы системы  в зимних условиях. Подобный проект разрабатывается и для грузового района № 1.
На  экологические мероприятия ПАО «Мурманский Морской Торговый Порт» запланировал около 200 миллионов рублей.